学校于2000年6月由原两所国家示范性高等工程专科学校——南京机械高等专科学校和南京电力高等专科学校合并组建而成;2001年4月,原核工业部的南京工业学校并入其中。学校有着近百年的办学历史,前身可追溯至1915年创建的同济医工学堂附设机师科,及1946年创建的江苏省立苏州高级工业职业学校。

2000年6月 合并组建南京工程学院